La Chiesa di San Nicolò è un pregevole esempio di architettura cinquecentesca, voluta da Alberto III Pio, la sua costruzione ebbe inizio nel 1494 e si è conclusa nel 1516, progettata da Baldassarre Peruzzi.

La chiesa si compone di tre navate, al suo interno si trovano numerose sepolture di frati francescani, vissuti nell'attiguo convento, tra le opere d'arte lavori in scagliola, quadri di Bernardino Loschi e di Luigi De La Forest.

La Chiesa di San Nicolò non è accessibile al pubblico a causa degli importanti lavori di ristrutturazione a cui la chiesa è sottoposta da oltre 10 anni, infatti la struttura ha subito gravi danni a causa del terremoto del 2012.